Устөрөгч-дейтерийн солилцоо

Устөрөгч-дейтерийн солилцоо (мөн H-D эсвэл H/D солилцоо гэж нэрлэдэг) нь ковалентаар холбогдсон устөрөгчийн атом химийн урвал дотор дейтерийн атомоор сольдог байнав. Энэ ямар ч катализаторгүйгээр маш амархан протонууд ба дэйтерүүд солилцох болмжтой ийм хувиргалт нь тохиромжтой дейтерийн их үүсвэр байгаа тохиолдолд болно. . Энэ нь ихэвчлэн пердеутерацийг үүсгэдэг: молекул дахь бүх солигддоггүй устөрөгчийн атомуудын устөрөгч-дейтерийн солилцоо.

Ийм байдлаар ихэвчлэн судалдаг солилцооны протонуудын жишээ бол уургийн нуруунд байдаг амидуудын протонууд юм. ^[1] ^[2] ^[3] Энэ арга нь молекулын янз бүрийн хэсгүүдийн уусгагч хүртээмж, улмаар уургийн гуравдагч бүтцийн талаархи мэдээллийг өгдөг. Уургийн устөрөгчийн солилцоог ойлгох онолын хүрээг анх Каж Улрик Линдерстрем-Ланг тайлбарласан бөгөөд тэрээр уураг судлахын тулд H/D солилцоог анх хэрэглэсэн. ^[4]

урвалын солилцоо

Протик уусмал дахь гидроксил эсвэл амин бүлэгт байгаа протонууд нь уусгагчтай протон солилцдог. Хэрэв D ₂ O нь уусгагч бол эдгээр байрлалд нь дейтеронууд орно. Солилцооны урвалыг янз бүрийн арга ашиглан хийж болно. Энэ солилцоо нь тэнцвэрийн урвал учраас дейтерийн молийн хэмжээ нь субстратын солилцооны протонтой харьцуулахад өндөр байх ёстой. Жишээлбэл, H ₂ O уусмалыг D ₂ O (жишээ нь арав дахин) шингэлэх замаар дейтерийг H ₂ O дахь уураг руу нэмнэ. Солилцоо нь ихэвчлэн физиологийн рН (7.0-8.0) дээр явагддаг бөгөөд уургууд нь хамгийн уугуул конформацийн төлөв байдалд байдаг.

Масс спектрометрээр (HDX-MS) хэмжсэн устөрөгч/дейтерийн солилцооны туршилтын ажлын зураглал. Хар муруй шугам нь уургийн нурууг илэрхийлдэг. Цэнхэр үсэг "H" нь үндсэн амидуудад холбогдсон устөрөгчийн атомуудыг, улаан үсэг нь "D" нь дейтерийн холбогдсон атомуудыг төлөөлдөг. нурууны амидуудад. Дээрээс нь устөрөгчөөр ханасан уургийн уусмалыг төвлөрсөн дейтерийн исэл болгон шингэлдэг бөгөөд энэ үед нурууны амидаас олдсон устөрөгч нь уусмалын дейтеритэй солилцдог. Тогтмол хугацааны цэгүүдэд (t₁-t₄) солилцооны урвалыг хүчиллэгжүүлэх, хөргөх замаар унтраадаг. Дараа нь үүссэн уургийн дээжийг задлах, давсгүйжүүлэх эсвэл заримдаа хийн фазын хуваагдалд өртөж болно. Хэрэв уураг задарсан бол үүссэн пептидүүдийг масс спектрометрийн (MS) холбосон шингэн хроматографи (LC) ашиглан тусгаарладаг. Хугацааны цэг бүрийн хувьд, түүний дотор дейтергүй хяналт (t₀) пептид бүрийн дундаж массыг хэмждэг. Дараа нь ердийн практик биш ч гэсэн агуулагдах устөрөгч ба дейтерийг дэд нутагшуулахын тулд анализатор бүрийг хэсэгчлэн задлах боломжтой. Тайлбарыг хялбар болгохын тулд энд MS/MS спектрт зөвхөн c төрлийн ионуудыг дүрсэлсэн болно. Гэсэн хэдий ч бусад төрлийн фрагмент ионуудыг ажиглах боломжтой.

↑ Englander SW, Mayne L (1992-06-01). "Protein folding studied using hydrogen-exchange labeling and two-dimensional NMR". Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 21 (1): 243–65. doi:10.1146/annurev.bb.21.060192.001331. PMID 1525469.
↑ Englander SW, Sosnick TR, Englander JJ, Mayne L (February 1996). "Mechanisms and uses of hydrogen exchange". Current Opinion in Structural Biology. 6 (1): 18–23. doi:10.1016/s0959-440x(96)80090-x. PMC 3412065. PMID 8696968.
↑ Konermann L, Pan J, Liu YH (March 2011). "Hydrogen exchange mass spectrometry for studying protein structure and dynamics". Chemical Society Reviews. 40 (3): 1224–34. doi:10.1039/C0CS00113A. PMID 21173980.
↑ Englander SW, Mayne L, Bai Y, Sosnick TR (May 1997). "Hydrogen exchange: the modern legacy of Linderstrøm-Lang". Protein Science. 6 (5): 1101–9. doi:10.1002/pro.5560060517. PMC 2143687. PMID 9144782.

Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "englander" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "johnson" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "review" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "katta" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "zhang" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "uplc" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "scrambling1" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "scrambling2" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "scrambling3" defined in <references> is not used in prior text.
Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "scrambling4" defined in <references> is not used in prior text.

Иш татахад гарсан алдаа: <ref> tag with name "komives" defined in <references> is not used in prior text.

[1] Englander SW, Mayne L (1992-06-01). "Protein folding studied using hydrogen-exchange labeling and two-dimensional NMR". Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 21 (1): 243–65. doi:10.1146/annurev.bb.21.060192.001331. PMID 1525469.

[2] Englander SW, Sosnick TR, Englander JJ, Mayne L (February 1996). "Mechanisms and uses of hydrogen exchange". Current Opinion in Structural Biology. 6 (1): 18–23. doi:10.1016/s0959-440x(96)80090-x. PMC 3412065. PMID 8696968.

[KonermannPan2011-3] Konermann L, Pan J, Liu YH (March 2011). "Hydrogen exchange mass spectrometry for studying protein structure and dynamics". Chemical Society Reviews. 40 (3): 1224–34. doi:10.1039/C0CS00113A. PMID 21173980.

[4] Englander SW, Mayne L, Bai Y, Sosnick TR (May 1997). "Hydrogen exchange: the modern legacy of Linderstrøm-Lang". Protein Science. 6 (5): 1101–9. doi:10.1002/pro.5560060517. PMC 2143687. PMID 9144782.

[1]

[2]

[3]

[4]