|
== Бүтэц ==
[[File:Chaperonin_1AON.png|thumb|300px|right|The crystal structure of the chaperonin. Chaperonins assist protein folding.]]
Ихэнх уургууд өвөрмөц 3D хэлбэрт орон нугалрдаг. Уургын ингэж ордог хэлбэрийг нь уургын бодит төлөв гэдэг. Олон уургууд гадны туслалцаагүйгээр өөрсдийн бодит төлөвт ордог (ердөө л өөрсдийн амин хүчлийн химийн шинжүүдийг ашиглан) бол, зарим нь шаперон молекулын туслалцааг шаарддаг. Биохимичид ихэвчлэн уургын бүтцийн 4 өөр хэлбэрийг дурддаг: ▼[[File:Proteinviews-1tim.png|thumb|300px|Three possible representations of the three-dimensional structure of the protein [[triose phosphate isomerase]]. Left: all-atom representation colored by atom type. Middle: Simplified representation illustrating the backbone conformation, colored by secondary structure. Right: Solvent-accessible surface representation colored by residue type (acidic residues red, basic residues blue, polar residues green, nonpolar residues white)]]
▲Ихэнх уургууд өвөрмөц 3D хэлбэрт орон [[Уургын нугалралт|нугалрдаг ]]. Уургын ингэж ордог хэлбэрийг нь уургын [[бодит төлөв ]] гэдэг. Олон уургууд гадны туслалцаагүйгээр өөрсдийн бодит төлөвт ордог (ердөө л өөрсдийн амин хүчлийн химийн шинжүүдийг ашиглан) бол, зарим нь [[Шаперон (уураг)|шаперон ]] молекулын туслалцааг шаарддаг. Биохимичид ихэвчлэн уургын бүтцийн 4 өөр хэлбэрийг дурддаг:
* [[Анхдагч бүтэц]]: [[Пептидийн дараалал|амин хүчлийн дараалал]]. Уураг нь [[полиамид]].
* [[Хоёрдогч бүтэц]]: устөрөгчийн холбоогоор тогтворжсон, локал бүтцүүдийн давталт (үечлэл). Өргөн тархсан жишээ нь, [[альфа мушгиа]] (спираль), [[бета ялтас]] болон [[Эргэлт (биохими)|эргэлтүүд]] (тойрог). Хоёрдогч бүтэц нь локал учраас, ялгаатай хоёрдогч бүтцийн олон хэсгүүд нь нэг уургын молекулд орших боломжтой.
* [[Гуравдагч бүтэц]]: уургын нэг молекулын ерөнхий хэлбэр (хоёрдогч бүтцүүдийн хоорондын холбоо). Гуравдагч бүтэц нь ерөнхийдөө локал бус холбоонуудаар холбогдож, ихэвчлэн [[гидрофоб]] (усанд дургүй) бүтцийг үүсгэдэг. Мөн [[давсны гүүрээргүүр]]ээр, устөрөгчийн холбоогоор, [[дисульфидийн холбоогоорхолбоо]]гоор, тэр бүү хэл [[трансляцийн дараах хувиргалтаархувиргалт]]аар холбогддог. Гуравдагч бүтэц нь нугалралт гэдэг ойлголттой ижил утгатайгаар дэлгэрэнгүй ашиглагддаг. Гуравдагч бүтэц нь уургын үндсэн үүргийг удирддаг.
* [[Дөрөвдөгч бүтэц]]: хэд хэдэн уургын молекулуудаас үүсдэг бөгөөд нэг [[комплекс уураг]] шиг ажилладаг бүтэц. Энэ сэдэвт [[уургын дэд нэгж]] гэж нэрлэгдсэн.
Уургууд нь хатуу бүтэцтэй молекулууд биш. Дээр дурдагдсан бүтцүүдээс гадна, уургууд нь хэд хэдэн хамааралтай бүтцэд хувирах чадвартай ба тэр үедээ үүргээ гүйцэтгэсэн хэвээр байдаг. Энэ өөрчлөн байгуулалтын хүрээнд хамрагдах гуравдагч ба дөрөвдөгч бүтцүүдийг [[Химийн бүтэц|хувиралт]] (конформац), тэдгээрийн хоорондын шилжилтийг хувиралтын өөрчлөлт гэж тус тус нэрлэдэг. Субстратын[[Субстрат]]ын молекул ферментийн [[идэвхтэй хэсэгттал]]д эсвэл химийн урвалд катализаторын[[катализатор]]ын үүрэг гүйцэтгэж байгаа уургын физик хэсэгт холбогдсоноор дээрх өөрчлөлтүүд ихэвчлэн бий болдог. Уусмал доторх уургууд нь дулааны хэлбэлзлэлийн нөлөөгөөр мөн бусад молекулуудтай мөргөлдсөнөөр бүтцийн хувиргалтад ордог.
Уургуудыг албан бусаар, гуравдагч бүтцэд нь суурилан 3 үндсэн ангилалд хуваадаг: [[бөмбөрцгөн уураг]], [[утаслаг уураг]], [[мембранан уураг]]. Бөмбөрцгөн уургуудын дийлэнх нь [[Уусалт|уусдаг]] ба тэдгээрийн олонх нь [[фермент]] байдаг. Утаслаг уургууд нь ихэвчлэн бүтцийн үүрэгтэй байдаг. Жишээ нь, [[коллаген]] (холболтын эдийн үндсэн бүрдүүлэгч), [[кератин]] (үс ба хумсны уурган бүрдүүлэгч). Мембранан уургууд нь ихэвчлэн рецепторын[[рецептор]]ын (химийн дохиолол хүлээн авагч) эсвэл, туйлтай эсвэл цэнэгтэй молекулуудыг [[эсийн мембраныгмембран]]ыг нэвтрүүлдэг сувгийн үүргийг гүйцэтгэдэг.
Уураг нь усны довтолгооноос маш муу хамгаалагдсан байдаг учир, өөрийгөө усгүйжүүлэгч[[усгүйжүүлэх]], [[дегидрон]] гэж нэрлэгддэг, молекул доторх тусгай устөрөгчийн[[устөрөгч]]ийн холбоотой байдаг.
===Бүтцийг тодорхойлох===
УурагынУургын гуравдагч бүтчийгбүтцийг эсвэл дөрөвдөгч бүтчийнбүтцийн комплексүүдийг нээх нь тухайн уураг яаж үүргээ гүйцэтгэдгийг олход тусалдаг. Хоёулаа атомын хэмжээнд мэдээлэл бүрдүүлж чадах X-ray crystallography болон NMR spectroscopy-н бүтцийг олох жирийн туршилтын аргуудад ордог. Гэвч NMR-ын туршилтууд нь хэд хэдэн атомуудын хос хоорондын зай нь таамаглагдаж болох үед мэдээлэл бүрдүүлж чаддаг, ба уурагын авч болох бүрдэлийг геометр бодлого бодсоны эцэст мэдэж авдаг. '''Dual polarisation interferometry is a quantitative analytical method for measuring the overall protein conformation and conformational changes due to interactions or other stimulus.''' Circular dichroism нь уурагын альфа ороомог/бэта ялтас -ын бүтцийг тодорхойлох өөр нэг лабораторийн арга юм. Cryoelectron microscopy-ийг маш том уурагын бүрдэл болон цуглуулсан вирусийн бүтцийн тухай мэдээлэл олоход ашигладаг, гэвч маш муу үзүүлэлттэй. Electron crystallography гэдэг төрөл нь зарим тохоилдолдтохиолдолд(ихэвчлэн мембраны хоёр хэмжээст уурагынуургын кристалын) өндөр үзүүлэлттэй мэдээлэл бүрдүүлж чаддаг. Шийдэгдсэн бүтэцүүдбүтцүүд нь ихэвчлэн чөлөөтэй орж болдог мянга мянган уурагынуургын бүтцийн мэдээлэлийгмэдээллийг уураг дахь атом болгонд Cartesian coordinates хэлбэртэй авж болох УурагынУургын Мэдээллийн Банканд очдог.
УурагынУургын бүтцийн тооноос олон генийн дараалал байдаг. Шийдэгдсэн бүтцүүдийн бүлэгийгбүлгийг бүтэц олдог үндсэн аргуудын нэг болох X-ray crystallography-д ашиглагддаг нөхцөл болгоход амархан байдаг уурагуудтайуургуудтай холидогхольдог. Тодорхойлвол, бөмбөлгөн уурагуудуургууд нь X-ray crystallography-д кристал болгон бэлдэхэд харьцангуй амархан байдаг. Товчоор бол мембарны уурагууд нь кристалжуулхад амаргүй байдаг учир PDB-д бүрэн бусаар төлөөлүүлдэг. Бүтцийн геномиксийн удиртгалууд эдгээр дутагдлуудыг үндсэн нуглраануглараа бүлгүүдийн төлөөлөгчдийн бүтцүүдийг ёс журамтайгаар шийдэн олж засахыг оролдсон. УурагынУургын бүтэц олдог аргуудыг ашигладажашиглагдаж туршилтаар бүтцийн олоогүй байгаа уурагуудадуургуудад үнэмшилтэй бүтэц гаргаж авхыгавахыг оролдож байгаа.
===Эсэд гүйцэтгэх үүрэг===
УурагуудУургууд нь эс дотор голлох үүрэг гүйцэтгэгчид байдаг ба генд кодчлогдсонкодчилогдсон мэдээлэлийнмэдээллийн тодорхойлсноор үүрэгүүдийгүүргүүдийг гүйцэтгэдэг гэж хэлэгддэг. РНХ-ийн төрлүүдийг тооцохгүй байвал бусад биологийн молекулууд нь харьцангүйхарьцангуй идэвхгүй байдаг учраас тэдгээр дээр уурагуудуургууд ажилдагажилладаг. Escherichia coli эсийн хуурай жингийн хагасын уурагуудуургууд эзэлдэг байхад өөр ДНХ болон РНХ мэтийн макромолекул нь 3% болон 20% эзэлдэг. Тодорхой эсэд эсвэл эсийн төрөлд байгаа уурагынуургын бүрдлийг түүний протеом гэдэг.
| 